تختص إدارة التطبيقات بالإشراف على بجميع النظم المعلوماتية المستخدمة بالجامعة، من حيث عمليات التحليل والتصميم والتطوير والإدارة والدعم، إضافة إلى التنسيق والإشراف على الجهات الخارجية التي تطور وتدير الأنظمة الخاصة بالجامعة. كما تقوم الإدارة بتأمين المحيط الملائم لعمل الأقسام وتسعى للقيام بالمتابعة المستمرة للعمل وتقييم أداء منسوبي الأقسام.
يشرف هذا قسم على تحليل وتصميم وتطوير والإدارة والدعم لمجموعة من المنظومات المعلوماتية والأنظمة؛ تتلخص أهمها في الآتي:
يشرف هذا قسم على إدارة البوابة الإلكترونية للمنسوبين والطلاب؛ والتي تتضمن الخدمات الذاتية مثل تسجيل المواد للطلاب، ورفع الدرجات الفصلية لأعضاء هيئة التدريس.
يشرف هذا قسم على إدارة البوابات الإلكترونية المساندة، مثل بوابة التوظيف، وبوابة الإسكان لكل من أعضاء هيئة التدريس والطلاب.
يشرف هذا قسم على إدارة قواعد البيانات، وإعطاء الصلاحيات للوصول لها، الخوادم الخاصة بقواعد البيانات، وعمليات النسخ الاحتياطي.