تم تحديد مهام إدارة المراجعة الداخلية وفقاً للائحة الموحدة لوحدات المراجعة الداخلية الصادرة بقرار مجلس الوزراء رقم (129) في (6/ 4 /1428هـ)، كما يأتي:

1.  تقويم أنظمة الرقابة الداخلية بما فى ذلك النظام المحاسبي للتحقق من سلامتها وملاءمتها، وتحديد أوجه القصور فيها إن وجدت، واقتراح الوسائل والإجراءات اللازمة لعلاجها بما يكفل حماية أموال الجامعة وممتلكاتها من الاختلاس أو الضياع أو التلاعب ونحو ذلك.

2. التأكد من التزام الجامعة بالأنظمة واللوائح والتعليمات والإجراءات المالية، والتحقق من كفايتها وملاءمتها.

3. تقويم مدى كفاية الخطة التنظيمية للجامعة من حيث وضوح السلطات والمسؤوليات، وفصل الاختصاصات المتعارضة، وغير ذلك من الجوانب التنظيمية.
4. تقويم مستوى إنجاز الجامعة لأهدافها الموضوعة، وتحليل أسباب الاختلاف إن وجد.
5. تحديد مواطن سوء استخدام الجامعة لمواردها المادية والبشرية، وتقديم ما يمكِّن الجهة من معالجتها وتلافيها مستقبلاً.
6. فحص المستندات الخاصة بالمصروفات والإيرادات بعد إتمامها للتأكد من كونها صحيحة ونظامية.
7. فحص السجلات المحاسبية للتأكد من انتظام القيود وصحتها وسلامة التوجيه المحاسبي.
8. مراجعة العقود والاتفاقيات المبرمة التى تكون الجهة طرفاً فيها للتأكد من مدى التقيد بها.
9. مراجعة أعمال الصناديق وفحص دفاترها وسجلاتها ومستنداتها، والتحقق من أن الجرد قد تم وفقاً للقواعد والإجراءات المقررة.
10. مراجعة أعمال المستودعات وفحص دفاترها وسجلاتها ومستنداتها، والتحقق من أن الجرد والتقويم وأساليب التخزين قد تمت وفقاً للقواعد والإجراءات المقررة.
11. مراجعة التقارير المالية والحسابات الختامية التى تعدها الجامعة، والتأكد من دقتها ومدى موافقتها للأنظمة واللوائح والتعليمات والسياسات التي تطبقها الجامعة.
12. تقديم المشورة عند بحث مشروع الموازنة التقديرية للجامعة.
13. قيام الإدارة بالأعمال التى تكلفها بها الإدارة العليا التابعة لها (مدير الجامعة)، وذلك فى مجال اختصاصات المراجعة الداخلية.