يقوم هذا القسم بمراجعة العمليات المالية في الإدارات والأقسام بالجامعة، على أن يتولى تنفيذ ذلك رئيس القسم الذي يرأس عدداً من المراجعين المتخصصين في مراجعة الشؤون المالية حسب حجم العمل.
يقوم هذا القسم بمراجعة العمليات التشغيلية في الإدارات والأقسام بالجامعة، على أن يتولى تنفيذ ذلك رئيس القسم الذي يرأس عدداً من المراجعين المتخصصين في مراجعة العمليات التشغيلية حسب حجم العمل.
يقوم هذا القسم بمتابعة الملاحظات الواردة من الجهات الرقابية مثل ديوان المراقبة العام، والهيئة الوطنية لمكافحة الفساد، وأي جهة رقابية أخرى خارجية، وإرسالها لجهات وإدارات الجامعة المختصة للرد على الملاحظات، والتأكد من استلام جميع الردود تمهيداً لإرسالها لتلك الجهات مرة أخرى، والتأكد من توزيع نسخة من ملاحظات الجهات الرقابية والردود عليها لأقسام إدارة المراجعة الداخلية كل حسب ما يخصه لوضعها في الإعتبار حال تنفيذ المراجعة الداخلية لجهات وإدارات الجامعة، على أن يتولى هذا القسم إداري يمكن أن ينضم إليه مساعدين إداريين حسب حجم العمل.
يقوم قسم السكرتارية بجميع الأعمال الإدارية المتعلقة بأعمال الصادر والوارد، والحفظ والأرشفة، وكذلك الأعمال المتعلقة بتنظيم ملفات منسوبي الإدارة، ومتابعة المعاملات الخاصة بتكليفهم بالمهام وإجازاتهم وغيرها.