تعتبر الجراحة من أهم التخصصات الطبية ويمثل قسم الجراحة بكلية طب القنفذة أحد الركائز الأساسية في تعليم الطلاب أساسيات الجراحة ويشرف القسم على تدريس الجراحة العامة والجراحة التخصصية مثل جراحة الأنف والأذن، جراحة العيون، جراحة العظام، جراحة المسالك البولية والتخدير والحروق والإصابات ويعمل القسم على اكتساب الطلاب للمهارات السريرية والمعرفة الخاصة بالإصابات والأمراض التي تتطلب تدخلاً جراحياً وتؤهل الطالب الكفايات اللازمة حسب المرحلة العلمية.