يعتبر قسم التشريح من الأقسام الأساسية والمحورية بكلية طب القنفذة حيث يقوم بتدريس التركيب التشريحي لجسم الإنسان وأجهزة الجسم الداخلية ووصف عظام الهيكل البشري وكيفية التعرف عليها بالإضافة إلى دراسة التشريح التطبيقي للاستفادة منه في المرحلة السريرية لكافة العلوم الإكلينيكية. يقوم قسم التشريح أيضاً بتدريس علم الأنسجة الذي يتضمن التركيب المجهري لخلايا وأنسجة الجسم المختلفة. وأخيراً يقوم قسم التشريح بتدريس علم الأجنة الذي يختص بوصف تطور أعضاء وأجهزة الجسم المختلفة أثناء النمو الجنيني داخل الرحم.
يهدف القسم إلى اكتساب الطالب المعرفة والمهارات المتعلقة بذلك مستخدماً العظام والعينات التشريحية الطبيعية والعينات الشمعية والبلاستيكية بالإضافة إلى طاولات التشريح الحديثة ثلاثية الأبعاد.