قسم النساء والولادة من أوائل الأقسام السريرية التي أنشئت بكلية الطب منذ قيامها. انتهج القسم أسلوباً مستحدثاً في التعليم الطبي غير مسبوق، وأصبح في فترة وجيزة يمتلك خبرة وذخيرة معرفية كبيرة في هذا المجال، وبذا صار قبلة لكل من ينشد التميز والأخذ بطرق التعليم الطبي الحديث من الأقسام الأخرى.

تماشيا مع رؤية الكلية، يسعى قسم التشريح إلى أن يكون مركزاً متميزاً في علم التشريح الاكلينيكي، في مجال التعليم والبحث العلمي وخدمة المجتمع.

يعتبر القسم من أوائل الأقسام الطبية الأساسية التي أنشئت بكلية الطب وتتابع تطوره من حيث المعامل التدريسية والبحثية والكوادر البشرية وطرق التدريس.

.نشأ القسم ابتداءً ضمن أقسام كلية العلوم الطبية، وبعد ذلك أصبح أحد الأقسام الأساسية بكلية الطب

قسم الأدوية والسموم من الأقسام الطبية الأساسية بكلية الطب؛ والتي تساهم في رفع مستوى التعليم الطبي والتدريب السريري والبحث العلمي من خلال العملية التعليمية الأساسية والسريرية والبحثية المتميزة. كما يساهم القسم في خدمة المجتمع عن طريق التوعية الصحية المتمثلة في إقامة الندوات التوعوية وإلقاء المحاضرات

.

يعتبر قسم علم الدم والمناعة من الأقسام الأساسية في كلية الطب بجامعة أم القرى - مكة المكرمة - العابدية، حيث يهتم بدراسة علم الدم ومكوناته، وما يتعلق به من أمراض. أما علم المناعة فهو يهتم بدراسة جهاز المناعة، وخلاياه، وعناصره، وأنواع المناعة سواءً الفطرية أو المكتسبة.

يقوم القسم بالتعاون مع القطاعات الصحية الحكومية بالعاصمة المقدسة لخدمة المرضى عبر تشخيص وعلاج ومتابعة المرضى من المواطنين والمقيمين والزائرين من الحجاج والمعتمرين.

تم إنشاء قسم الجراحة عام 1419 هـ والذي يطمح لأن يكون له دور ريادي وإيجابي في التعليم الطبي والأبحاث الطبية والخدمات الصحية فيما يخص جميع التخصصات. وتنفيذ رسالة القسم باستخدام أحدث الاستراتيجيات التدريسية من التعليم المبني على حل المشكلات وكذلك التدريب المبني على الأدلة العلمية.

تم إنشاء قسم الوراثة الطبية بكلية الطب عام: 2006م، تحت رئاسة الدكتور محمد طاهر طيب، ومنذ إنشاء القسم حتى يومنا هذا والقسم في تطور مستمر من حيث الإمكانات، واستقطاب الكوادر المؤهلة للعمل فيه حيث يعتبر القسم أول قسم أكاديمي للوراثة الطبية على مستوى جامعات المملكة.

يضطلع قسم علم وظائف الأعضاء بتعزيز تنمية وتحسين التعليم والتدريب الطبي، والبحوث العلمية، والعناية بالمرضى، والخدمات المجتمعية في جو من المهنية والاحترام، والتواصل الفعَّال.

تُعد الكيمياء الحيوية الطبية أحد أهم العلوم الطبية الأساسية وأكثرها تطوراً ونمواً، ولدى القسم دور بارز في تدريس العديد من المناهج للطلاب في الكليات الطبية. يتم تدريس هذا العلم لطلاب الفرقتين الثانية والرابعة في كلية الطب، وكذلك طلاب كليتي الصيدلة والتمريض. ويمتلك القسم تاريخاً بحثياً مميزاً.

في عام 1434 هـ تم إنشاء قسم جراحة العظام من قسم الجراحة.

وفي عام 1434 هـ تم إنشاء قسم جراحة العيون والأنف والأذن والحنجرة وجراحة الرأس والرقبة في كلية الطب.