أُنشئ هذا القسم مع نشأة الكلية عام 1407هـ. ويطمح قسم اللغة العربية بالكلية الجامعية بالقنفذة إلى أن يكون واحداً من الأقسام الرائدة في مجال تدريس اللغة العربية وآدابها، وإعدادِ خرّيج متميز في مجال اللغة العربية وآدابها، وتنمية المجتمع في مختلف المجالات الأدبية والإنسانية، وتوسيع سوق العمل لخريجي القس

أُنشئ قسم الدراسات الإسلامية مع افتتاح القبول في هذه الكلية الغراء، ولا يزال يرفد المجتمع بالكفاءات العلمية المؤهلة فيما يتعلق بالتدريس، الإمامة والخطابة، الدعوة والإرشاد، الإفتاء، والأمر بالمعروف والنهي عن المنكر، فضلاً عن مساهمته الفاعلة في التوعية العامة، الحفاظ على القيم الإسلامية.

يرجع تاريخ إنشاء القسم إلى العام 1407هـ، مع إنشاء كلية المعلمين بالقنفذة التابعة لوكالة الكليات بوزارة التربية والتعليم من بين تخصصات أخرى لمنح الدبلوم الوسيط، ثم تطور لمنح درجة البكالوريوس في الرياضيات للعمل في التعليم الابتدائي.

تأسس قسم الفيزياء مع بداية تأسيس الكلية الجامعية بالقنفذة، وكان قبلها ضمن قسم علوم الحياة بكلية المعلمين بالقنفذة. وقد عمل قسم الفيزياء منذ إنشائه على أن يكون منهلاً للعطاء لا ينضب في نشر العلم وتخريج أجيالٍ في تخصص الفيزياء.

تأسس قسم اللغة الإنجليزية في سنة 1427هـ، ويعتبر بذلك من الأقسام العتيقة بالكلية. يضم القسم ستمائة وتسعون طالباَ، ومن الأساتذة العلَّامون ستة عشر، فضلاً عن أساتذة وطالبات القسم بكلية البنات.

كان قسم الكيمياء شعبة من شعب قسم العلوم بكلية إعداد المعلمين بالقنفذة حتى عام 1429هــ حيث صدر أمر خادم الحرمين الشريفين الملك عبدالله بن عبدالعزيز – رحمه الله – بضم كليات المعلمين إلى الجامعات السعودية. وفي عام 1430هـ، تم اعتماد قسم الكيمياء ضمن هيكلة أقسام الكلية الجامعية بالقنفذة