وكالة المعهد لشؤون تحقيق التراث الإسلامي هي إحدى وكالات معهد المخطوطات وإحياء التراث الإسلامي، والتي تُعنى بتحقيق رؤية ورسالة المعهد فيما يخص التخطيط والتنفيذ لبرامج البحث في التراث الإسلامي بالمعهد: جمعاً، وفهرسةً، وتصنيفاً، وتحقيقاً، ودراسةً، ونشراً.
- وضع خطط اختيار البحوث المنشورة بالمعهد، سواءً أكانت بحوثاً وكتباً علمية، أم رسائل جامعية متميزة، أم مشاريع ممولة.
- التخطيط للبرامج المساندة لمهام المعهد بما يحقق أهدافه، كالدعم والاستثمار الخارجي بما يتسق مع رؤية المملكة العربية السعودية (2030)، وأهداف الجامعة وفق خططها المرحلية.
- الإشراف على مركز إحياء التراث الإسلامي بالمعهد، والعمل على تطويره، وتحديث برامجه وخططه بما يوافق أهداف المعهد ويحقق رسالته، ويواكب مستجدات وواقع المرحلة.
- الإشراف العلمي والفني على جميع مطبوعات المعهد وإصداراته والتعريف بها.
- الإشراف العام على إخراج الأبحاث، والنشر والتسويق المحلي والدولي لمطبوعات المعهد ومواكبة طرق النشر الحديثة كالنشر الإلكتروني.
- متابعة نشر الإنتاج العلمي للمعهد في مختلف أوعية المعلومات، وفقا للموصفات الدولية للنشر تحريراً، وتوثيقاً.
- تنفيذ اتفاقيات الشراكة والتعاون البحثي مع المؤسسات والمراكز والمعاهد المتميزة التي تخدم وتحقق أهداف المعهد.
- ربط الجامعة بالمجتمع من خلال اقتراح وتنفيذ برامج مجتمعية موجهة، توائم مهام المعهد، وتحقق أهدافه.