تأسست الكراسي العلمية في جامعة أم القرى في بداية عام 1431هـ، وكانت تشرف عليها وكالة معهد البحوث للكراسي العلمية في معهد البحوث والدراسات الاستشارية.

وفي عام 1435هـ، تم تأسيس عمادة للبحث العلمي، وإعادة هيكلة المنافذ البحثية في جامعة أم القرى، وأصبحت وكالة الكراسي إحدى وكالات العمادة مع إعادة صياغة بعض البنود في اللائحة الإجرائية - إجراءات تأسيس الكراسي وتقييمها، وآلية متابعة المنجزات وتوثيقها - والتركيز على الإنتاج البحثي للكراسي، وتبع ذلك تغيير مسمى الكراسي العلمية لتصبح الكراسي البحثية.