أنشئ قسم الأحياء عام 1392/ 1393هـ، كأحد أقسام كلية التربية بجامعة الملك عبدالعزيز (فرع مكة المكرمة). وفي شهر شعبان من العام 1401هـ تحقق حلم أبناء مكة المكرمة بصدور الأمر السامي بإنشاء جامعة أم القرى، واعتماد ميزانية خاصة لها اعتباراً من 01/01/1402هـ، حيث أنشئت كلية العلوم والهندسية كأحد أو

أنشئ قسم الرياضيات في عام 1384/1385ه، الموافق 1964/1965م كتوأم لقسم الفيزياء، وذلك عندما صدرت أول لائحة لكلية التربية بجامعة الملك عبدالعزيز شطر مكة المكرمة، وقد تخرجت عدة دفعات على نظام التخصص المزدوج (فيزياء ورياضيات). ونظراً لهذا الاندماج فقد كان الإشراف العلمي مشتركاً بين القسمين.

أنشئ قسم الكيمياء عام 1401هـ وفي عام 1443هـ تم تحديث واستحداث برامج البكالوريوس والدراسات العليا في إطار مشروع التحول البرامجي لتلبية متطلبات سوق العمل وفق رؤية المملكة 2030 لتمكن الطالب من الربط بين ما يحصل عليه من معرفة إلى الجانب التطبيقي في مختبرات مجهزة بأحدث التقنيات وفق المعايير العالمية.

يعتبر قسم الفيزياء بكلية العلوم بجامعة أم القرى من أقدم أقسام الفيزياء التي أنشئت على مستوى الجامعات السعودية، حيث أُنشئ بجانب أقسام الكليات المختلفة (الكيمياء، الرياضيات، الأحياء) عام 1401هجرية. وقد أنشئ قسم الفيزياء في عام 1384 / 1385 هـ، الموافق 1964 / 1965م كتوأم لقسم الرياضيات.