تهتم هذه الوحدة بمتابعة ورصد جودة المياه بمكة المكرمة والمدينة المنورة والمشاعر المقدسة، إضافة إلى قيام الوحدة بإعداد سجل علمي وتاريخي للخصائص الفيزيائية والكيميائية والبيولوجية لمياه زمزم المباركة كقاعدة بيانات مرجعية يمكن الاستفادة منها.