يقوم القسم بإجراء الدراسات والبحوث الهادفة إلى الحفاظ على بيئة مكة المكرمة والمدينة المنورة والمشاعر المقدسة من تأثير الملوثات البيئية، وكذلك الحفاظ على صحة الحجاج والمعتمرين والزوار.