يُعنى قسم هندسة البيئة في جلِّ اهتماماته بتخريج مهندسين بيئيين، يمتلكون مخرجات تحقق رؤية ورسالة القسم والكلية والجامعة، ولتحقيق ذلك نوجز في وصف مخرجات الخريجين كالآتي:

1. اكتساب العلوم المعرفية والتطبيقية في مجالات علوم البيئية والكيمياء والبيولوجيا والفيزياء والرياضيات والعلوم المساندة الأخرى.
2.  اكتساب العلوم المعرفية والتطبيقية في المجالات الهندسية والهندسة البيئية.
3.  تعرُّف المبادئ وأسس تصميم أجهزة القياس والفحص والتحليل ووحدات المعالجة.
4.  القدرة على تشغيل أجهزة القياس والفحص والتحليل ووحدات المعالجة.
5.  تعرُّف المشكلات البيئية الناتجة عن التلوث والتغيرات البيئية.
6.  القدرة على حل المشكلات البيئية الناتجة عن التلوث والتغيرات البيئية.
7.  أن يقيِّم الأثر البيئي للمشاريع القائمة والمقترحة.
8.  طرح حلول المشكلات البيئية.
9.  تقديم الإرشادات البيئية للمجتمع المحلي.
10. تعرُّف أدوات التواصل مع المؤسسات والمجتمع المحلي.
11. أن يكون قادراً على استخدام أدوات التواصل مع المؤسسات والمجتمع المحلي. 
12. امتلاك الطرق والأساليب التي من خلالها يتم معرفة سلوكيات وثقافة المواطنين.
13. توجيه المواطنين إلى السلوكيات السليمة التي تخدم البيئة والمواطن. 
14. أن يكون قادراً على اتخاذ الإجراءات اللازمة في حالات الطوارئ، مثل الحج والعمرة.