تقع مقرات الجامعة بالعاصمة المقدسة في (العابدية – الزاهر- العزيزية طلاب وطالبات – ريع ذاخر – الجموم). ويوجد محطتين باصات خاصة بحافلات مكة بمقر الجامعة بالعابدية ( أمام سكن الطلاب – أمام قاعة الملك عبد العزيز التاريخية ) ومحطة واحدة ملاصقة لمقر الجامعة بالزاهر.