عندما أُنشئت الكلية في العام 1407هـ، كانت في الأساس هي كلية تربية، وكانت تسمى ومنذ العام 1407هـ إلى العام 1408هـ بكلية إعداد المعلمين بالقنفذة، وتمنح المتخرج منها درجة الدبلوم في التربية (سنتان بعد الثانوية العامة)، وتغير مسماها في العام 1409هـ وحتى العام 1428هـ إلى كلية المعلمين بالقنفذة، وكانت تمنح المتخرج منها درجة البكالوريوس في التعليم الابتدائي في أحد التخصصات التي كانت موجودة آنذاك (الدراسات الإسلامية - الدراسات القرآنية - اللغــة العربيـة - التربية البدنية - التربية الفنية - الحـاسب الآلي - الـريـاضيـات - العلوم).

وقد كان الطالب يدرس مواد التخصص في الأقسام المعنية السابقة، ويدرس المواد التربوية ضمن خطته الدراسية خلال الأربع سنوات (الإعداد التكاملي) في عدة أقسام تربوية هي (قسم التربية وعلم النفس، قسم تقنيات التعليم، وقسم المناهج وطرق التدريس)، حيث كانت تقوم هذه الأقسام بدور الإعداد التربوي لجميع الطلبة في الأقسام الأكاديمية المختلفة، إضافة إلى قيام هذه الأقسام التربوية بعقد دورة مديري المدارس للمرحلة الابتدائية والمرحلة المتوسطة والمرحلة الثانوية بالتعاون مع وزارة التربية والتعليم، ولمدة سنة دراسية كاملة للمدراء المفرغين من الوزارة، يدرسون خلالها المواد التربوية بمختلف صنوفها مع التركيز على الجوانب الإدارية والتنموية لتطوير الإدارات المدرسية بقطاعات وإدارات التعليم المختلفة من شتى المحافظات (القنفذة، الليث، محايل عسير، الباحة، نجران، وجيزان). وكان يتبع الأقسام التربوية السابقة (قسم التربية وعلم النفس، قسم تقنيات التعليم، وقسم المناهج وطرق التدريس) ثلاثة مراكز هي مركز الإعلام التربوي، ومركز البحوث التربوية، ومركز التدريب وخدمة المجتمع.

ومنذ العام 1428هـ تم إعادة هيكلة الكلية والتخصصات التي تمنحها والخطط الدراسية مما أدى إلى التوقف عن تطبيق النظام التكاملي في إعداد الطلاب في الكلية الجامعية بالقنفذة، وبناءً عليه فقد تم دمج (قسم التربية وعلم النفس، وقسم تقنيات التعليم، وقسم المناهج وطرق التدريس) في قسم واحد تحت مسمى "قسم التربية". وتم إلغاء كلٍ من مركز الإعلام التربوي، ومركز البحوث التربوية، ومركز التدريب وخدمة المجتمع في الكلية.

وفي العام 1428هـ ومع إعادة هيكلة الكلية والتخصصات التي تمنحها تم استحداث برنامج الدبلوم العام في التربية والدبلوم العام في الإرشاد والتوجيه في الفترة المسائية؛ والذي يأخذه المستهدفون من هذين البرنامجين في الفترة المسائية ولمدة عام دراسي كامل.