يهدف القسم إلى: 

1-  تخريج أطباء وطبيبات واختصاصيي مختبرات ذوي كفاءات عالية في تشخيص الطفيليات والأمراض الطفيلية ونواقلها.

2- التعريف بأنواع الطفيليات في العالم كافة، والتي قد تجد موطئاً في مكة مع قدوم الحجاج والمعتمرين والزوار إلى الأراضي المقدسة على مدار العام.

 3- الكشف على الطفيليات عامة، وطرق تشــخيص الأمراض التي تســـببها، والإلمام بالمعلومات الوبائية المحيطة بالمرض، والتي تســـاعد على الوقاية واستئصال الأمراض الطفيلية السائدة.

4-  تقديم بحوث ميدانية خادمة للبيئة المحيطة عن الطفيليات الممرضة، وتقديمها للبحث والتقصـي وإيجاد الحلول. 

6- التعاون مع المؤسسات والجامعات الخارجية ذات الصلة بالتخصص للتطوير والتجويد في مخرجات التدريس والأبحاث العلمية.
7- إنشاء جمعية أو رابطة علمية متخصصه في مجال علم الطفيليات الطبية.
8- تقديم دورات تدريبية تساهم في الرفع من المستوى المهني للعاملين في القطاعات الصحية.