تمت المصادقة على تأسيس قسم علم الطفيليات الطبية عام 1417هـ، تحت مظلة كلية الطب والعلوم الطبية. ويعتبر قسم الطفيليات الطبية بكلية الطب بجامعة أم القرى أحد أقسام العلوم الأساسية الحديثة التي استحدثت مؤخراً بكليات الطب بالمملكة؛ فالمتخصصون في هذا المجال اهتموا بهذا العلم بشكل خاص نظراً لطبيعة المملكة العربية السعودية التي تمتاز بمناخ حار وجاف، وكذلك وجود المرتفعات والمنخفضـات والكثير من الأودية والمستنقعات في معظم أرجائها مما يجعلها أرضية مناسبة لانتشار الأمراض الاستوائية؛ ومنها على سبيل المثال: أمراض الملاريا والليشمانيا والبلهارسيا، لوجود المسبب والناقل والعائل للمرض.

يقوم القسم بتدريس مقرر الطفيليات لبرنامج الطب والجراحة بكلية الطب، وكذلك المشاركة في تدريس مادة الطفيليات التشخيصية لبرنامج طب المختبرات بكلية العلوم الطبية التطبيقية، كما يشارك في تدريس بعض المحاضرات الخاصة بالأمراض الطفيلية في الكثير من التخصصات الصحية الأخرى بالكليات الصحية بالجامعة.

كما يأمل القسم من خلال الأبحاث التي يجريها أن يكون له الدور الفعَّال في خدمة هذا الصرح، وأن يصبح في المستقبل القريب من المراجع العالمية التي تصب في خدمة المجتمع، ويكون مهيأ لاستقبال العينات المرضية من مختلف المستشفيات والمستوصفات الخاصة والعامة؛ لتأسيس مرجعية تشخيصية يُستفاد منها في مرافق مكة الصحية ومواسم الحج والعمرة.