يتم تطوير مناهج البرنامج الأكاديمية وفقًا لأحدث معايير الاعتماد على الصعيدين المحلي والدولي،  ويركز برنامج الهندسة البيئية في كلية الهندسة بالليث على اكساب الطلاب أساسيات العلوم الأساسية مثل الرياضيات و الفيزياء و الكيمياء، والعلوم والهندسية  مثل ميكانيكا المواد  و ميكانيكا الموائع و الديناميكا الحرارية و علم المواد الهندسية و غيرها‘ والمعرفة النظرية والتقنية الواسعة في الهندسة البيئية التي تكسب  الخريجين القدرة على التعرف على المشاكل والملوثات البيئية ومعالجتها، والحد منها من خلال القدرة على تقييم الأثر البيئي للمشاريع الصناعية والأنشطة البشرية، وتطبيق الأنظمة والمعايير البيئية العلمية لقياس ومعالجة الملوثات والتخلص منها والمحافظة على الموارد الطبيعية، وتصميم وإدارة مشاريع التخلص من النفايات، ومشاريع إمدادات ومعالجة المياه والمياه العادمة.
ويشتمل المنهج على اكساب الطلاب إتقان مهارات عدة مثل: التواصل الكتابي والشفهي والتفكير النقدي واتخاذ القرارات، وحل المشكلات والمهارات الأخلاقية والعمل الجماعي في الهندسة وغيرها من مهارات. كما يشمل البرنامح مجموعة من المقررات الاختيارية المتقدمة التي تعزز فرص الطلاب من الالتحاق في وظائف يحتاجها سوق العمل المحلي والاقليمي.
ويحوي البرنامج فترة تدريب ميداني تعاوني لمدة فصلين دراسيين والذي يتيح للطلاب اكتساب المعرفة العملية اللازمة والتطبيق العملي للمعلومات الهندسية والممارسات المهنية الواقعية بالإضافة الى تعزيز فرص التوظيف.   
ويتوج البرنامج بمشروع تصميمي بناءً على المعرفة والمهارات المكتسبة في المقررات الدراسية ويتعلم الطلاب من خلال المشروع على كيفية طرح الأفكار للمشروعات والتخطيط للتنفيذ والعمل الجماعي، وإنجاز مشروع هندسي متكامل ضمن المعايير الهندسية.

فيما يلي رابط المنهج الدراسي:

https://uqu.edu.sa/eedcel/App/Plans?major=1020&type=1&edition=44