بدأ العمل في قسم الكيمياء الصيدلية منذ نشأة كلية الصيدلة بجامعة أم القرى، باعتباره أحد الأقسام الرئيسية بها؛ فمنذ انطلاق العمل بالقسم، حرص أعضاء هيئة التدريس بالقسم على تطوير مقرراته الدراسية من خلال استخدام طرق التدريس الحديثة وتحديث آلياته لتتسق كذلك مع متطلبات تخريج صيادلة على درجة عالية من الكفاءة من الكلية ببرنامجيها، تلبية لاحتياجات سوق العمل.

يتولى القسم مسؤولية تدريس عدد من المقررات على مدار العام الدراسي لتغطي مناهج الكيمياء العضوية، الكيمياء الحيوية، الكيمياء التحليلية، والكيمياء الطبية.

يهدف قسم الكيمياء الصيدلية بكلية الصيدلة بجامعه ام القرى بإعداد صيادلة مؤهلين لتقديم الخدمات الصيدلية والصحية للمواطن في جميع القطاعات العامة والخاصة. كما يضم القسم أربع مقررات وهي:

- الكيمياء الدوائية الذي يشمل على عدة مسارات منها مسار استكشاف الأدوية ومسار تصميم الأدوية باستخدام برامج التعديل الجزيئي ومسار تشيد الأدوية.

- الكيمياء الصيدلية التحليلية الذي يشمل على عدة مسارات منها مسار استحداث الطرق التحليلية للأدوية ومسار تحليل المستحضرات الصيدلانية ومسار دراسة استقلاب الأدوية.

- الكيمياء العضوية وتشمل دراسة تركيب وخواص الجزيئات العضوية، التركيب والكيمياء الفراغية للألكانات وتفاعلاتها الكيميائية استنتاج التراكيب الكيميائية للمركبات العضوية من خلال أطياف الرنين النووي المغناطيسي والأشعة تحت الحمراء.

-الكيمياء الحيوية وتشمل دراسة كيمياء المركبات العضوية ذات الأهمية الحيوية (الكربوهيدرات -البروتينات -الدهون -الأحماض النووية) من حيث: التعرف على هذه المركبات – أهميتها الحيوية - أقسامها-خواصها الطبيعية والكيميائية - دراسة الإنزيمات والهرمونات ومجموعة الفيتامينات الذائبة في الماء والذائبة في الدهون - دراسة المسارات الخاصة بأيض الكربوهيدرات والدهون.