يسعى المعهد لتحقيق الأهداف التالية:

1. تأسيس بنكِ للمعلومات عن الحج والعمرة يكون مرجعاً علمياً شاملاً لمختلف أنواع الإحصائيات والحقائق، ومن ثَم عمل نموذج محاكاة حسابي لمختلف عمليات الحج، مما يساعد كثراً على التخطيط.
2. العمل على بناء سجلٍ تاريخي متكاملٍ بالدراسات والوثائق، والصور والأفلام والخرائط، والمخطوطات التاريخية للحج ومكة المكرمة والمدينة المنورة؛ ليكونَ مرجعاً تاريخياً وعلمياً ثابتاً.
3. المحافظة على البيئة كما خلقها الله -تعالى- في المناطق المقدسة، والمحافظة على البيئة الإسلامية بمكةَ المكرمة والمدينةِ المنورة.
4. تطوير الخدمات والمرافق المقدمة في الحج والعمرة والزيارة ورفع كفاءتها التشغيلية.