في عام 1403هـ، الموافق 1983م، وافق المجلس الأعلى للجامعات في جلسته "الأولى" المعقودة بتاريخ 20/05/1403هـ على تأسيس "قسم العلوم الطبية" كواحد من الأقسام العلمية التابعة لكلية العلوم التطبيقية في جامعة أم القرى بمكة المكرمة. وتم قبول الدفعة الأولى بالقسم عام 1405هـ، وكان عددهم عشرين طالباً. وغدا هذا القسم نواة لإنشاء كلية الطب والعلوم الطبية. 

في العام 1416هـ، الموافق 1995م تمت موافقة المقام السامي على قرار مجلس التعليم العالي القاضي بتحويل "قسم العلوم الطبية" إلى كلية للطب والعلوم الطبية. وتم قبول الدفعة الأولى للطالبات بقسم العلوم الطبية بكلية الطب والعلوم الطبية عام 1419هـ.

وافق قرار مجلس الجامعة رقم (7/36/1426هـ)، الصادر بتاريخ 26/2/1426هـ على تحويل قسم العلوم الطبية بكلية الطب والعلوم الطبية بجامعة أم القرى إلى كلية مستقلة باسم (كلية العلوم الطبية التطبيقية)؛ وتوج بموافقة سامية من لدن خادم الحرمين الشريفين (رئيس مجلس الوزراء ورئيس مجلس التعليم العالي) على محضر الجلسة بالتوجيه البرقي الكريم رقم7710/م ب، وتاريخ 07/06/1426هـ. وتسعى كلية العلوم الطبية التطبيقية منذ صدور قرار فصلها عن كلية الطب إلى استكمال بنيتها الأكاديمية والإنشائية للاضطلاع بمهامها المتمثلة في تخريج الكفاءات الوطنية المؤهلة على أعلى مستوى للانخراط في خدمة الوطن، بما يحقق الأهداف المنشودة لحكومتنا الرشيدة لسعودة جميع الوظائف الصحية بالمملكة، وقد قطعت الكلية -ولله الحمد- شوطاً كبيراً في هذا المجال من خلال الاستعانة بنخبة ممتازة من أعضاء هيئة التدريس المتعاقدين بكافة التخصصات، إضافة إلى الكفاءات الوطنية المؤهلة. ومن المنتظر أن تتسلم الكلية مبناها الجديد المستقل خلال العامين القادمين -بمشيئة الله تعالى- والذي سيكون على أعلى مستوى من التجهيزات، وملبياً لكافة متطلبات الأقسام التعليمية بالكلية، إضافة إلى قرب افتتاح المستشفى الجامعي الذي سيكون له دور كبير في رفع كفاءة خريجي وخريجات هذه الكلية، وكذلك بقية الكليات الطبية بالجامعة بمختلف التخصصات الطبية المساندة بالمستشفى.

ومما لاشك فيه أن ما تشهده جميع كليات الجامعة بالوقت الحاضر من تطوير، وما تحظى به المدينة الجامعية من مشاريع يرجع الفضل فيها للجهود المخلصة لمعالي مدير الجامعة الدكتور بكري بن معتوق عساس بتوفيق من الله سبحانه وتعالى. 

في عام 1436ه، أصبحت كلية العلوم الطبية التطبيقية أولى كلية على مستوى جامعة أم القري تحصل على الاعتماد الأكاديمي الدولي الألماني لجميع برامجها، مما يعد اعترافاً دولياً بتماشي كلية العلوم الطبية التطبيقية ومخرجاتها مع المعايير الدولية، مما يعزز من ثقة الجامعات العالمية وسوق العمل الداخلي والخارجي في خريجي كلية العلوم الطبية التطبيقية، مما سيكون له من أثر إيجابي علي المسيرة المستقبلية لخريجي الكلية في حياتهم العملية والعلمية المقبلة.

 

تسعي الكلية للاستثمار الأمثل لموارد وإمكانيات الجامعة لتحقيق رسالتها التي تشمل:

• تخريج كوادر طبية فاعلة ومميزة علمياً وعملياً ومتصفة بأخلاق الإسلام.

• دفع عجلة ومسيرة البحث العلمي الطبي، وتشجيع الإبداع البحثي.

• توفير البيئة الجامعية المحفزة للإبداع الفكري والعلمي والبحثي.

• الوصول للاعتماد الأكاديمي وطنياً وعالمياً.

• أن تكون الكلية أداة لازدهار المجتمع.

• الاستثمار الأمثل لموارد وإمكانات الجامعة.

• أن تكون الكلية مرجعاً للخدمات الطبية بالمنطقة بشكل خاص والمملكة بشكل عام.

• نسعي لنكون أفضل كلية طبية للتعليم والتعلم والتدريب.