تأسست الإدارة المالية في جامعة أم القرى منذ أن انفصلت عن جامعة الملك عبدالعزيز في عام 1402هـ، وهي الإدارة المعنية بتنفيذ ميزانية الجامعة المعتمدة من قبل وزارة المالية وفق المعايير والقواعد المحاسبية الحكومية، في ظل التعليمات الصادرة من الوزارة.
وتعتبر الإدارة المالية إحدى الإدارات التنفيذية الهامة والشريان الأساسي لجامعة أم القرى؛ وهي تقوم بإنجاز كافة الإجراءات المالية المتعلقة بالصرف وفق اللوائح والأنظمة والتعليمات والتعاميم والقرارات لصرف رواتب ومستحقات موظفي الجامعة من أعضاء هيئة التدريس والإداريين والمتعاقدين، ومكافآت الطلبة والطالبات للبكالوريوس والدراسات العليا، وكذلك صرف استحقاقات الشركات والمقاولين والموردين، وتسديد السلف وإقفال العهد وتحصيل الإيرادات، وإثبات ذلك محاسبياً في دفاترها النظامية، وإعداد البيانات الربع السنوية، وإعداد الحساب الختامي في نهاية السنة المالية، وذلك حسب الاعتمادات المالية بميزانية الجامعة وحسب التعليمات المالية، والعمل في إنجاز المعاملات وسرعة إيصال المستحقات إلى المستفيدين، ساعية إلى تحقيق رغبة وتوجيهات الإدارة العليا في العمل على الإنجاز والدقة والتعامل الأمثل.