أنشئت الكلية الجامعية بالقنفذة في عام 1407هـ، وكانت تُسمَّى (الكلية المتوسطة)، ومدة الدراسة بها سنتان، وتمنح الدبلوم المتوسط في العديد من التخصصات منها: التربية الفنية.

ومع بداية عام 1409هـ تم تطوير الدراسة في الكلية لتصبح أربع سنوات، وتم تغيير الاسم إلى (كلية المعلمين)، وأصبح المتخرج يمنح بعدها درجة البكالوريوس في التعليم الابتدائي في جميع التخصصات السابقة، وتخرّجت الدفعة الأولى من الحاصلين على درجة البكالوريوس في التعليم الابتدائي عام 1412هـ.

وفي 28 / 04 / 1427هـ، صدر التوجيه السامي لخادم الحرمين الشريفين الملك عبدالله بن عبدالعزيز (رحمه الله) بنقل وكالة كليات المعلمين من وزارة التربية والتعليم إلى وزارة التعليم العالي، من أجل تقديم تعليم جامعي مرموق لطلاب هذه الكليات.

وفي 25 / 03 / 1428هـ، وافق خادم الحرمين الشريفين الملك عبدالله بن عبدالعزيز -رحمه الله- على الإجراءات التنفيذية لنقل كليات المعلمين من وكالة وزارة التعليم العالي للكليات إلى الجامعات، وكانت الجامعة التي حظيت بها كلية المعلمين بالقنفذة، هي جامعة أم القرى، بتاريخها العريق، وسجلها الأكاديمي الحافل. وتعول الكلية على هذا الانضمام المشرِّف أن يرفع من المستويات المهنية والأكاديمية للكلية، والمحافظة عليهما على حد سواء.

وفي 30 / 12 / 1429هـ، صدر التوجيه السامي لخادم الحرمين الشريفين الملك عبدالله بن عبدالعزيز -رحمه الله- رقم 10209/م ب، بالموافقة على قرار مجلس التعليم العالي رقم 10 / 50 / 1429هـ، القاضي بتغيير مسمى الكلية إلى الكلية الجامعية بالقنفذة، وإعادة هيكلة الكلية وأقسامها، وقسم التربية الفنية أحدى هذه الأقسام.

وفي العام 1433 / 1434هـ، تم ضم الكلية الجامعية بالقنفذة - فرع الطالبات إلى الكلية الجامعية بالقنفذة - طلاب، وأصبحت تحت مسمى واحد "الكلية الجامعية بالقنفذة"، وكان من نتائج هذا الضم إعادة هيكلة العمادة والوكالات في كلتا الكليتين، بحيث أصبح لها عميد واحد، وله وكلاء في شطر الطلاب ووكيلات في شطر الطالبات، وأصبحت التخصصات التي تمنحها الكلية الجامعية بالقنفذة- شطر الطالبات هي نفس التخصصات الموجودة في شطر الطلاب باستثناء تخصص الحاسب الآلي والمتاح للطالبات في الكلية الجامعية بالقنفذة، ونفس التخصص متوفر للطلاب في كلية الحاسب الآلي بالقنفذة.