افتتح قسم الهندسة المدنية عام 1407هـ كثالث أقسام الهندسة بعد قسمي العمارة الإسلامية والهندسة الكهربائية والحاسبات بغرض المساهمة في تلبية حاجة المملكة إلى المهندسين المدنيين، وذلك ضمن الخطط الطموحة الموضوعة من قبل الدولة لمواكبة النهضة العمرانية السريعة التي تشهدها، ولتزويد منطقة مكة المكرمة وما جاورها بالمهندسين المدنيين المؤهلين والدارسين في نفس البيئة للتعرف عن قرب عن احتياجات المنطقة، وإتاحة الفرصة لهم للمساهمة في عجلة التنمية بشكل فعَّال. يهدف البرنامج إلى تعريف الطالب ببيئته وتأهيله للوفاء بحاجاتها الهندسية، فضلاً عن تطوير حلول علمية لمكة المكرمة، والتي يفد إليها مئات الآلاف من المسلمين سنوياً لأداء الحج والعمرة. ويهدف البرنامج كذلك لتخريج مهندسين ذوي كفاءة عالية لهم القدرة على منافسة نظرائهم في الجامعات الأخرى من الناحية الأكاديمية والمهنية، ولديهم القدرة كذلك على مواصلة دراساتهم العليا داخل وخارج المملكة بدون أي معوقات.