افتتح قسم الكتاب والسنة سنة 1395/1396هـ، ضمن كلية الشريعة، وكان يمثل مساراً واحداً من مسارات كلية الشريعة، والتي كانت تتبع جامعة الملك عبدالعزيز في تلك الفترة.

وبعد أن استقل شطر مكة المكرمة من جامعة الملك عبدالعزيز في جامعة مستقلة هي جامعة أم القرى، وصدر قرار إنشاء كلية الدعوة وأصول الدين؛ تمت الموافقة على إنشاء قسم الكتاب والسنة بموجب القرار 30/4/16/6827/1 بتاريخ 22/ 7/ 1404هـ، بناءً على قرار المجلس الأعلى للجامعة في جلسته الثانية لعام 1404هـ بتاريخ 25/ 6/ 1404هـ، تم نقل مسار قسم الكتاب والسنة من قسم الشريعة ليكون أحد أقسام كلية الدعوة وأصول الدين، وقد اتجه القسم إلى إعداد مناهج جديدة وأقرت في مجلس القسم والكلية الموقرين.

واستمر تقديم هذا البرنامج إلى عام (1417هـ)، حيث صدر قرار مجلس الجامعة في جلسته الثامنة، بتاريخ:14/ 2/ 1417هـ، بالقرار رقم (15)، بالموافقة على تعديل مناهج برنامج الكتاب والسنة.

وفي عام (1425هـ) تم تعديل مسميات بعض المواد، ومفردات بعض المواد الأخرى، بناءً على التوصية المقدمة من قسم الكتاب والسنة برقم (19) و(23)، وموافقة مجلس الجامعة بقرار رقم (8) بتاريخ: 3/ 2/ 1425هـ، ثم تم إجراء بعض التعديلات اليسيرة على توصيفات المقررات التي أقرت في مجلس القسم رقم (12) بتاريخ 6/ 4/ 1441هـ، وتمت موافقة مجلس الكلية عليها في جلسته رقم ( 16 ) بتاريخ 4 / 5 / 1441هـ.