أُنشىء قسم الفيزياء في عام 1384/ 1385هـ، كتوأم لقسم الرياضيات، وذلك عندما صدرت أول لائحة لكلية التربية بجامعة الملك عبدالعزيز شطر مكة المكرمة، وقد تخرجت عدة دفعات على نظام التخصص المزدوج (الفيزياء والرياضيات).

استمر العمل على هذا النظام مدة عشر سنوات حتى عام 1394/ 1395هـ، كجزء من جامعة الملك عبدالعزيز بحدة، حيث فصل قسم الفيزياء عن قسم الرياضيات، وأصبح قسماً قائماً بذاته يمنح درجة البكالوريوس في الفيزياء والفيزياء الطبية.

وفي السنة التالية تم إدخال نظام الساعات المعتمدة على جامعة الملك عبدالعزيز شطر مكة المكرمة، وأصبح القسم يقدم مواده وفقاً لنظام الساعات. ويمنح درجة البكالوريوس في الفيزياء.

وفي عام 1400/ 1401هـ، تأسست جامعة أم القرى بمكة المكرمة، ثم أُنشئت كلية العلوم التطبيقية، وأصبح القسم تابعاً لها. وأصبح القسم يمنح درجة البكالوريوس في الفيزياء والفيزياء الطبية.