تتضمن مهام الوكالة ما يلي:

1. الإشراف على تنفيذ اللائحة الخاصة ببرنامج السنة الأولى المشتركة كما أُقرت من مجلس الجامعة، وأيضاً القواعد التنفيذية العامة بلائحة الدراسة الجامعية والاختبارات بالجامعة لكافة طلبة البرنامج بمقرات مكة.
2. الإشراف على سير العملية التعليمية بالبرنامج.
3. الإشراف على الأداء الدراسي للطلبة مع متابعة أدوار الإرشاد الأكاديمي، والتأكد من محاولة حل المشاكل وتذليل الصعوبات التي تضعف التحصيل الأكاديمي للطلبة خلال فترة البرنامج.
4. الإشراف على اللجان والوحدات ذات العلاقة بالشؤون الأكاديمية كوحدة الجداول الدراسية، والاختبارات، والأعذار الطلابية، والإرشاد والدعم الطلابي.
5. الإشراف على برنامج السنة الأولى المشتركة المسائية بشطر الطلاب لمقرات مكة.
6. متابعة الأنشطة والخدمات الطلابية وتطويرها لتعزيز دورها في رفع جودة مخرجات البرنامج.