أنشئ هذا المركز عام 1397هـ بناء على توصية المؤتمر العالمي للتعليم الإسلامي الذي عقد في مكة المكرمة، وكان المركز في البداية تابعاً لمنظمة المؤتمر الإسلامي، ثم صدر الأمر السامي الكريم رقم 223/ 8 في 9 / 2 / 1402 هـ بضمه إلى جامعة أم القرى مركزاً مستقلاً، إلى أن تم ضمه إلى معهد البحوث العلمية وإحياء التراث الإسلامي عند إنشائه في عام 1406 هـ..

تعاقب على رئاسة المركز عدد من أعضاء هيئة التدريس ذوو الكفاءة العالية في الأداء العلمي.

وفي عام 1436 هـ ضُم المركزُ إلى عمادة البحث العلمي بعد تأسيسها تحت وكالة عمادة البحث العلمي لشؤون المجموعات والمراكز البحثية.