يعتبر مركز بحوث العلوم التطبيقية هيئة إدارية وعلمية متخصصة، أنشئت لدعم الأبحاث العلمية التطبيقية تحت مظلة عمادة البحث العلمي بجامعة أم القرى، ويلعب المركز دوراً هاماً في تحقيق رسالة الجامعة في خدمة المجتمع من خلال المساهمة في حل المشاكل العلمية والرياضية التطبيقية السائدة من خلال أبحاث متميزة تساهم في إثراء المعارف العلمية والحيوية والصناعية والبيئية والصحية العالمية.

يشتمل المركز على بيئة علمية متميزة ومناسبة للباحث، تُدار من قبل منظومة إدارية وأكاديمية عالية التأهيل وتتميز بالخبرة الواسعة في مجال الأبحاث العلمية التطبيقية. وتتمحور جهود المركز في البحث عن آفاق وتقنيات علمية جديدة، واستخدام طرق حديثة للصناعات البتروكيماوية والطاقة المتجددة؛ وذلك للاستفادة من الموارد الطبيعية في المملكة العربية السعودية. بالإضافة إلى دراسة نواقل الأمراض الحشرية وطرق علاجها أو الحد من إنتشارها وتطوير الوسائل البيئة المناسبة لتلبية وتوفير بيئة صحية إجتماعية عامة وللزوار من حجاج ومعتمرين خاصة ووضع النماذج الرياضية لمحاكاة بيئة المجتمع. وأيضاً الاهتمام بأبحاث وطرق اكتشاف الأدوية والتقنيات العلاجية ومسبِّبَات الأمراض.

وكذلك فإن المركز يدعم الأبحاث التي تعنى بالدراسات الوراثية والجينية للنباتات والكائنات الحية في المملكة لحماية الأصول الوراثية وحفظ مواردها الطبيعية. كما أن التعاون الوثيق بين المركز والمراكز البحثية الأخرى بالجامعة والقطاعات المستفيدة الأخرى يشكل أهم أهداف وتطلعات المركز لإثراء أنشطته البحثية.