تعنى المراكز البحثية بعقد الشراكات البحثية مع الجهات المختلفة من أجل إجراء البحوث الرصينة وتقديم الخدمات والاستشارات البحثية بحيث تكون المراكز هي حلقة الوصل بين الباحثين في الجامعة وأرباب الأعمال من مؤسسات وشركات خاصة والقطاعات الحكومية المختلفة.

أن تكون جامعة أم القرى مرجعاً بحثياً موثوقاً ومحرِّكاً وشريكاً أساسيّاً في إدارة وريادة اقتصاد مجتمع المعرفة.

تهيئة البيئة المناسبة للبحث العلمي ودعم البرامج البحثية المتميزة ذات الطابع الابتكاري لخدمة المجتمع.

تقع المراكز البحثية تحت وكالة العمادة للكراسي والمراكز البحثية، حيث تهتم الوكالة بإدارة شؤون المراكز البحثية  (ستة مراكز بحثية) عن طريق المجلس التنسيقي بين المراكز، وذلك لمراجعة خططها الاستراتيجية، وتحديد الأولويات البحثية التي تتلخص في ثلاثة اتجاهات:

1. الأبحاث التي تلبي الاستراتيجية الوطنية واستراتيجية الجامعة.
2. الأبحاث التي تخدم أهداف  الكليات التي تمثلها المراكز.
3. الأبحاث التي تستجيب للاحتياجات الوطنية والاجتماعية الملحة والطارئة.

كما تهتم الوكالة بتعزيز بناء الخبرات والقدرات العلمية المتخصصة والمتكاملة لتكون هذه المراكز بؤر إشعاع علمي ومراجع بحثية في تخصصاتها على المستوى الوطني والعالمي للحصول على التمويل البحثي من الجامعة أو خارجها عن طريق برامج التمويل المتاحة.

وبجانب اهتمام الوكالة بالمراكز البحثية تشرف الوكالة على منح تسجيل برنامج المجموعات البحثية، وهو برنامج بحثي متميز تموله العمادة لتشجيع المتميزين من أعضاء هيئة التدريس ممن لهم سجل إنجازي في البحوث والنشر، لبناء مجموعات بحثية تتألف من الباحثين المتخصصين ذوي الخبرة تركز في أعمالها على مجال معين من المعرفة، مما يمكنهم من جذب طلاب الدراسات العليا وباحثي ما بعد الدكتوراه للمشاركة في الأبحاث وبناء شراكات بينية مع المجموعات الوطنية الأخرى والمجموعات البحثية العالمية.