يعتبر مركز بحوث الدراسات الإسلامية من أقدم مراكز الأبحاث للدراسات الإسلامية، إلا أنه كان تحت مسمى معهد البحوث العلمية وإحياء التراث الإسلامي الذي أنشئ عام 1396هـ، وكانت بحوث الدراسات الإسلامية بمختلف فروعها تدخل ضمن اختصاصات المركز.
وقد وافق المجلس الأعلى للجامعة في عام 1407هـ، على إنشاء مركز مستقل لبحوث الدراسات الإسلامية بفروعها المختلفة، مثل: الكتاب والسنة، والفقه والأصول، والعقيدة، والاقتصاد الإسلامي، وغيرها من التخصصات. وتم ضمه إلى عمادة البحث العلمي بعد تأسيسها عام 1435-1436هـ، تحت وكالة المجموعات والمراكز البحثية.
أن يكون المركز مرجعًا بحثيًا معتمدًا في الدراسات الإسلامية، وركيزة أساسية في صناعة القرار الشرعي داخل الجامعة، وخارجها.
مؤسسة بحثية جامعية تحفز، وتدعم إنتاج البحوث الإسلامية الرصينة التي تخدم أهداف الجامعة، والكليات التي يمثلها المركز، وتستجيب للاحتياجات الوطنية، والاجتماعية.