أنشئ هذا المركز عام 1397هـ بناء على توصية المؤتمر العالمي للتعليم الإسلامي الذي عقد في مكة المكرمة، وكان المركز في البداية تابعاً لمنظمة المؤتمر الإسلامي، وفي عام 1436 هـ ضُم المركزُ إلى عمادة البحث العلمي بعد تأسيسها تحت وكالة عمادة البحث العلمي لشؤون المجموعات والمراكز البحثية.

يعتبر هذا المركز هيئة إدارية وعلمية متخصصة، أُنشئ لدعم البحوث الصحية في معهد البحوث العلمية وإحياء التراث الإسلامي، ويلعب المركز دوراً هاماً في تحقيق رسالة الجامعة في خدمة المجتمع من خلال المساهمة في حل المشاكل الصحية السائدة من أبحاث سريرية وتطبيقية متميزة تساهم في إثراء المعارف الطبية والصحية.

مركز بحوث العلوم الاجتماعية بالدراسات والبحوث في مجال العلوم الاجتماعية والاقتصادية، مثل: الجغرافيا والإعلام والخدمة الاجتماعية واللغة الإنجليزية وعلم المكتبات والمعلومات وإدارة الأعمال والمحاسبة والاقتصاد الإسلامي وغيرها من التخصصات الاجتماعية والاقتصادية.

يسعي مركز بحوث العلوم الصيدلية إلى الرُّقي بالعملية البحثية من خلال المساهمة في الارتقاء بجودة البحث العلمي في المجالات الرئيسية لعلم الصيدلة, ومن أجل دعم الأبحاث العلمية للصيدلية تبنت عمادة البحث العلمي بجامعة أم القرى إنشاء مركز بحوث العلوم الصيدلية كهيئة إدارية وعلمية متخصصة. 

أنشئ المركز عام 1417هـ، ثم تم ضمه إلى عمادة البحث العلمي عام 1436هـ بعد تأسيسها تحت وكالة المجموعات والمراكز البحثية.

أنشئ مركز بحوث اللغة العربيّة وآدابها بقرارٍ من المجلس الأعلى للجامعة في جلسته الأولى 19 ربيع الثّاني 1407هـ وذلك في سياق اختصاص المراكز واتّساع وظائفها بعد أن كانتْ مركزاً واحداً؛ هو مركز بحوث إحياء التراث الإسلامي الذي أنشئ عام 1396هـ. وجاء إنشاؤه تلبيةً لحاجات اللغة العربيّة البحثيّة.

يعتبر مركز بحوث العلوم التطبيقية هيئة إدارية وعلمية متخصصة، أنشئت لدعم الأبحاث العلمية التطبيقية تحت مظلة عمادة البحث العلمي بجامعة أم القرى، ويلعب المركز دوراً هاماً في تحقيق رسالة الجامعة في خدمة المجتمع من خلال المساهمة في حل المشاكل العلمية والرياضية التطبيقية السائدة من خلال أبحاث متميزة تساهم

أُنشئ مركز البحث العلمي وإحياء التراث الإسلامي عام 1396هـ. وكانت بحوث الدراسات الاسلامية بمختلف فروعها تدخل ضمن اختصاصات المركز وفي عام 1407هـ وافق المجلس الأعلى للجامعة على إنشاء مركزٍ مستقلٍ لبحوث الدراسات الإسلامية بفروعها المختلفة، مثل: الكتاب والسنة، والفقه والأصول، والعقيدة، وغيرها من التخصصات