تعتبر الوكالة حلقة الوصل مابين الكلية والمستشفيات المختلفة في مختلف مناطق المملكة و تتولى المهام التالية :

1-    توجيه الطلاب بالسنوات السريرية للتدريب بالمستشفيات خلال المقررات الدراسية  .

2-    توجيه  أطباء وطبيبات الامتياز و والإشراف على تدريبهم وإتمام جميع شؤونهم  .

3-    توجيه أعضاء هيئة التدريس في الكلية للعمل بالمستشفيات المختلفة .

4-    توجيه طلاب السنوات السريرية للتدريب الصيفي .

5-    عمل كل ما يتعلق بإجراءات الحصول على الألقاب الفخرية .

6-    التنسيق مع المستشفيات لعمل أبحاث أعضاء هيئة التدريس والطلاب .

7-    صياغة وتطبيق اتفاقيات التعاون مع المستشفيات في مجال الأبحاث والتدريب .

8-    التواصل مع الهيئة السعودية للتخصصات الصحية في مجال التدريب والاختبارات .