أنشئت وحدة المتاحف بقرار من معالي مدير الجامعة رقم 776/2 وتاريخ 9/2/1420هـ بناء على توصية تقدم بها بعض الأساتذة الأكاديمين في الجامعة الذين لهم خلفية بشئون المتاحف تغرض إعادة هيكلة العمل والعرض في المتاحف المتخصصة في الجامعة والتي كانت موجودة أساساً وتشمل متحف علم الحيوان التابع لقسم الأحياء بكلية العوم التطبيقية ، ومتحف الحضارة التابع لقسم الحضارة والنظم الإسلامية ( سابقاً ) بكلية الشريعة والدراسات الإسلامية ، ومتحف الصخور والمعادن التابع لقسم الجغرافيا بكلية العلوم الاجتماعية ، وذلك من خلال تجميع هذه المتاحف في مكان واحد لتكون نواة لمتحف علمي شامل يخدم ويساهم في تحقيق العديد من الأهداف والتي من أهمها :

1 -  إبراز دور مكة المكرمة كمدينة مقدسة مرت بفترات تاريخية متعاقبة وتحوي الكثير من الآثار سواء كان ذلك على مستوى الموقع أو على مستوى التراث الشعبي .

2 - القيام بدور تعليمي فعال لطلاب المراحل الدراسية خصوصاً طلاب المرحلة الجامعية وذلك تحويه هذه المتاحف من عينات ونماذج في مختلف الفروع العلمية .

3 - زيادة الاهتمام بالدور الثقافي لجميع طبقات المجتمع من خلال تنظيم وإلقاء المحاضرات التثقيفية وعرض الأفلام التوجيهية .

4 - المساهمة بدور فعال في إعطاء صورة مشرقة للزوار ، الذين يقدون على مكة المكرمة خلال العام ، عن التطور الذي تعيشه هذه المدينة المقدسة بصورة خاصة وبقية مدن المملكة بصورة عامة .

5 - إيجاد قنوات اتصال أكاديمية وعلمية مع المتاحف العالمية الأخرى وفتح سبل التعاون معها .